Seit einigen Jahren rückt das pädagogische Interesse immer mehr ins Zentrum der Arbeit von Marc Kilchenmann. Speziell zu erwähnen ist in diesem Zusammenhang sein Meisterkurs Xinghai Konservatorium von Guangzhou (China), wo er nicht nur eine Fagottklasse betreute, sondern auch die KompositionsstudentInnen in der Notation zeitgenössischer Musik unterrichtete.

2003-05 absolvierte er an der Musikakademie Basel den Studiengang ‚Elementare Musikpädagogik‘. Die dort empfangenen Impulse befruchten seinen Unterricht bis heute. Seit 2006 ist er akkreditierte Lehrkraft für Fagott (Hauptfach und Fachdidaktik) beim SMPV.

Seit 2009 ist Marc Kilchenmann Dozent für Fachdidaktik Fagott an der Hochschule der Künste Bern. Ebenfalls an der HKB ist er seit 2011 Dozent für ‚Komposition – Improvisation‘.

2013 führte er in Berlin und Mainz parallel zu den Aufführungen seiner Tetralogie nach Anna Seghers‘ Das siebte Kreuz zwei Schulprojekte durch. Dies in enger Zusammenarbeit mit den ansässigen Anna-Seghers-Schulen.